2024年3月20日，微生物所获发第二轮《知识产权管理体系认证证书》。研究所知识产权管理体系符合《科研组织知识产权管理规范》（GB/T33250-2016）国家标准，认证范围覆盖病原微生物与免疫学、微生物生理与代谢工程、真菌学、微生物资源前期开发、植物-微生物相互作用、农业微生物与生物技术的科学研究、技术开发、成果转化的知识产权管理。
作为中国科学院首批贯标单位之一，微生物研究所2020年首次通过《科研组织知识产权管理规范》（GB/T33250-2016）国家标准认证。体系运行三年来，研究所所不断改进知识产权管理体系、举办各类知识产权培训，提升科研人员知识产权意识，培养了大批院级和所级知识产权专员。2024年3月12-13日，中知（北京）认证有限公司对研究所知识产权管理体系覆盖的所有部门、全部学科领域开展了知识产权管理体系第二轮认证工作，顺利给予“直接推荐认证”结论。
